帮助

概述:

当前版本的siRNAEfficacyDB记录了三千多条人工整理的关于siRNA药物活性的数据记录,涵盖其序列及各类特征信息。综上所述,siRNAEfficacyDB为查询、浏览和可视化这些siRNA蛋白的详细信息提供了一个方便,友好的界面。为计算机辅助siRNA预测与设计研究提供基准数据集,为核酸药物研发提供数据支撑。

首页显示如图1-1所示:

1. 数据库的主要功能以菜单栏的形式提供(红色框)。

2. siRNAEfficacyDB数据库的介绍和概述。

3. 快速搜索。

图1-1. 主页

搜索页面如图 2-1 , 2-2 和 2-3 所示:


精确搜索:

1. 选择精确搜索。

2. 选择输入关键词类型:提供三种选择(目标检索号/靶基因/靶基因ID)。

3. 输入与所选类型相对应的关键字。

4. 选择目标单元格以过滤搜索。(这里包括八种细胞:Hela,Chlamydia,CHO-K1,E14TG2a,SW3T3,S2,HEK293,T24)

图 2-1. 精确搜索页面


序列搜索:

1. 选择序列搜索。

2. 选择输入关键字类型:提供两种选择(反义链/正义链)。

3. 输入与所选类型对应的关键字列表。

图 2-2. 序列搜索页面


blast搜索:

1. 选择blast搜索。

2. 输入对应的序列进行搜索。

Fig 2-3. blast搜索页面

“精确搜索”和“批量搜索”的结果页:

在精确检索、序列特征和批量检索的结果页面中,列出了所有条目的基本信息,包括检索号、基因、基因ID、实验技术、细胞、浓度、时间、抑制百分比。

图 3-1:

1. 从结果表中搜索关键字。

2. 结果表。(包括检索号、基因、基因ID、实验技术、细胞、浓度、时间、抑制百分比)

3. 点击跳转到详情页面。

图 3-1. 精确搜索、序列特征和批量搜索的结果页面。

在详情页面,您可以获取详细信息,包括“基本信息”、“特征”、“预测方法”和“参考文献”。

图 4-1:

1. 基本信息:包括反义链、正义链、序列比对、检索号、靶基因、靶基因ID、实验技术、靶细胞、浓度、小时数和抑制百分比。

2. 特征: 包括 5' 端、3'端、Sec.dG、GC stretch、Whole ∆G、%GC。

3. 预测方法:包括Hsieh,Amarzguioui,Katoh,Takasaki,Reynolds,Ui-Tei and i-score。

4. 参考文献的PMID、标题、期刊和出版年份。

图 4-1. 详情页面

用户可以根据靶基因和靶细胞浏览相关信息。

图 5-1:

1. 按靶基因进行分类(42种基因)。

2. 按靶细胞进行分类(7种类型的靶细胞)。

图 5-1. 浏览页面

siRNAEfficacyDB为用户提供下载页面,您可以在下载页面下载所有相关信息。

图 6-1. 下载页面